Η Σχοινούσα βρίσκεται στο κέντρο περίπου του συμπλέγματος των Μικρών Ανατολικών Κυκλάδων. Τη συναντάμε νότια της Νάξου και βορειανατολικά της Ηράκλειας.
Πρόκειται για το βορειότερο νησί των Μικρών Κυκλάδων και αρκετά μακριά απ' τα υπόλοιπα. Βρίσκεται βόρεια της Αμοργού και απέχει από το λιμάνι της Αιγιάλης 14 μίλια.
Η Ηράκλεια, είναι ένα μικρό πανέμορφο νησάκι που ανήκει στο σύμπλεγμα των Μικρών Ανατολικών Κυκλάδων. Βρίσκεται ανάμεσα στην Ίο και τη Νάξο και είναι το δυτικότερο νησί του συμπλέγματός του.