Τα Κουφονήσια αποτελούνται από δύο νησίδες, το Άνω και Κάτω Κουφονήσι, και ανήκουν στο σύμπλεγμα των Μικρών Ανατολικών Κυκλάδων. Χωρίζονται μεταξύ τους από ένα στενό πορθμό πλάτους 200 μ.